رضا پهلوی که از طرف دولت استعمارگر انگلیس به سلطنت رسیده بود از مخالفان سرسخت اسلام و روحانیت بود. از نخستین کارهای او منع بهکارگیری تاریخ هجری قمری است. تاریخ هجری شمسی جایگزین تاریخ قمری میشود و او نام این تهاجم وسیع بر ضد فرهنگ اسلامی را طرد یک سنت عربی تحمیل شده مینامد. بعد از تغییر تاریخ، بر سر گذاشتن کلاه پهلوی شبیه کلاه سربازی، برای همه اجباری میگردد. چیزی نمیگذرد که او مدارس را مختلط اعلام میکند و دختر و پسر را در کنار هم قرار میدهد. پسرها باید هنگام مدرسه رفتن، شلوار کوتاه به پا کنند و دخترها باید حجاب اسلامی را به کناری نهند.
همزمان با اسلامزدایی رضا شاه، آیتالله حائری ( قدسسره)، برخی از روحانیان شهرستانها و شاگردان درس خود را فرمود تا با استخدام در وزارت دادگستری، مقام قضاوت را در دست روحانیت نگاه دارند، که پدر سید مجتبی یکی از آنهاست و شاید به اشاره آیتالله حائری به این مهم اقدام کرده باشد.
در اینحال روحانیان بیدارگر با تهاجم فرهنگی استعمار و اسلامزدایی رضاخان به مبارزه برمیخیزند و بر ضد وی قیامهای اصلاحی مختلفی را برپا میدارند. در چنین زمانی است که آقا سیدجواد میر لوحی، پدر سیدمجتبی مجبور میگردد از پوشیدن لباس روحانیت صرفنظر کند. رضا پهلوی دستور داده است تا مردم همه از لباس یک شکل استفاده کنند در این زمان آقا سیدجواد از فرصت استفاده نموده، برای احقاق حقوق مظلومان، در دادگستری وکیل دعاوی میشود. وی در یک مشاجره با داور، وزیر وقت عدلیه، به مدت سه سال روانه زندان شد و در حدود ۱۳۱۴ یا ۱۳۱۵شمسی درگذشت.
سید مجتبی در عین داشتن جثهای نحیف، به لحاظ جسمی، سالم، چالاک و نظیف، شجاع و ورزشکار بود. بسیاری از روزها را روزه داشت و پاسی از شب را به مناجات با خدا میگذراند. به هنگام نماز برخی از رکوعهایش به دو ساعت میرسید. از وی همواره بهعنوان مرد علم و عمل یاد میشود. رئوف و مهربان بوده، نهایت احترام را به مادر و خانواده خود میگذاشت. نزد مردم فردی متواضع بود و در عین تنگدستی در حد توان خود به نیازمندان کمک مینمود، ولی در برابر هرگونه ظلم و بیعدالتی و پایمال شدن احکام اسلامی بسیار باصلابت عمل مینمود. نواب در تامین مخارج زندگی از شهریه حوزه استفاده نمیکرد، بلکه در کنار تحصیل علم با کار در مشاغل مختلف مایجتاج زندگی خویش را تهیه مینمود.
وی در نجف، با مطالعه کتاب کسروی با نام شیعیگری که مذهب تشیع را مورد حمله قرار داده بود و نشان دادن آن به علمای نجف و مرتد دانستن کسروی توسط برخی از علما و نیز سایر اقدامات کسروی که مبتنی بر دینزدایی بود. (تا جایی که اول دی ماه را با عنوان «جشن کتابسوزان» کتابهای سعدی، حافظ، مولوی . . . و حتی قرآن و مفاتیح را میسوزاند) نواب احساس تکلیف نموده در ۱۳۲۳ش به ایران آمد. وی در آبادان با کسانی که تحتتاثیر شبهات کسروی قرار گرفته بودند صحبت نموده، با کسروی نیز به مناظره پرداخت، اما وی از نظرات خویش دست برنداشت. «باهماد آزادگان، نام باشگاه کسروی است. نواب چند روزی در مورد دین و مسائل اجتماعی با وی بحث مینماید. لیکن او قانع نمیشود. دو دستگی در جمع حاکم میشود.
حرف آخر سید به کسروی این است که: «من به تو اعلام میکنم و تو را بهعنوان یک مانع نسبت به مذهب، حتی نسبت به مملکتم میدانم.» «موقعی که عضوی از پیکر انسانی چنان فاسد شود که نه تنها موجب فساد دیگر اعضای آن پیکر گردد، بلکه تباهی خود آن عضو با مجموع اعضای دیگرش را نتیجه دهد، نباید در ریشهکن کردن آن هیچگونه مسامحهای روا داشت. زیرا این مسامحه چه ناشی از ترحم و مهر و محبت باشد و چه معلول بیتوجهی به اهمیّت حیاتی قضیه، موجب از ارزش افتادن و تباهی دیگر اعضای پیکر جامعه خواهد گشت».
پس از اتمام حجت با کسروی، نواب درصدد برآمد حکم مرتد که اعدام است را در مورد وی اجرا نماید. ترور کسروی در اردیبهشت ۱۳۲۴ش توسط نواب به علت فرسودگی اسلحه موفق نبود. نواب پس از دستگیری با پیگیری علما آزاد گشت، اما بار دوم نواب با کمک دوستانش توانست کسروی را در ۲۰ اسفند ۱۳۲۴ش با موفقیت ترور نماید.
ماجرای کسروی که باعث شده بود نواب به ایران بیاید و نیز نابهنجاریهای فرهنگی و اجتماعی در جامعه و به خطر افتادن دین و فرهنگ اسلامی نواب را بر آن داشت با تاسیس گروهی با نام «جمعیت مبارزه با بیدینی» که بعداً نام «جمعیت فدائیان اسلام» به خود گرفت، در صدد مبارزه با مفاسد اجتماعی، کجرویها و انحرافات عقیدتی و فرهنگی در جامعه برآید و تا زمان شهادت اجرای اهداف خود را چه در دوران زندان، فرار یا آزادی ادامه داد. او در برپایی این سازمان اسلامی میگوید: در خواب جدّم سیدالشهداء را دیدم که بازوبندی به بازویم بست و روی آن نوشته شده بود «فدائیان اسلام».
جمعیت فدائیان اسلام که پیوندی ناگسستنی با نواب صفوی بهعنوان رهبر این گروه دارد، با هدف اجرای احکام اسلام، تشکیل حکومت اسلامی با هدف کلان جهانیسازی اسلام، مبارزه با نظام سلطنت و مخالفت با اساس رژیم پهلوی یعنی شاه تاسیس شد. نواب معتقد بود اصلاح را در دو سطح بالای جامعه یعنی حکومت و مردم باید انجام داد و آگاه ساختن مردم نسبت به مسائل اسلامی اولین گام در این راه است. وی معتقد بود در راه رسیدن به هدف یا به آن دست یافته یا به شهادت خواهیم رسید که این شهادت سرآغاز یک حرکت اسلامی خواهد شد. نواب برنامه حکومتی خود را در قالب کتاب «رهنمای حقایق یا جامعه و حکومت اسلامی» در اوایل روی کار آمدن مصدق انتشار داد.
اعضای جمعیت، متشکل از تربیتیافتگان اسلام، وفادار و آماده جانفشانی، ورزشکار بودن، داشتن احساس مسؤولیت دینی، اخلاص، هدف بودن اسلام، گفتن اذان و نماز اول وقت، تشکیل جلسات تفسیر قرآن و اسلامشناسی، گذاردن کلاه و محاسن، داشتن پرچمی به رنگ سبز و سفید، با عبارت لاالهالاالله، محمد رسولالله، علی ولیالله از ویژگیهای این جمعیت بود. روش مبارزه نواب بدینگونه بود که در سطح جامعه به آگاهسازی مردم میپرداخت و در سطح بالای جامعه و حکومت ابتدا به آگاهسازی فرد نسبت به عملی که انجام میدهد دست زده، در صورت عدم تاثیر، به وی هشدار میداد و در صورت لزوم به ترور وی دست میزدند. نواب در شرعی بودن اقدامات، بهویژه کسب مجوز از علما در ترور افراد بسیار دقیق بود.
۲۵ دی ماه ۱۳۳۴ دادگاه به سیدمجتبی نواب صفوی و سه همراهش حکم اعدام میدهد. (آن سه تن عبارتند از: سیّدمحمد واحدی، مظفر ذوالقدر و خلیل طهماسبی) آنان در ۲۷ همان ماه مطابق با سالگرد شهادت صدیقه طاهره حضرت فاطمه زهرا (سلاماللهعلیها) به خیل شهدا میپیوندند. وی به هنگام شهادت، در لحظههای آخر حیات با لحنی دلنواز آیاتی از قرآن کریم را تلاوت نموده، بانگ اذان سر میدهد و نزدیکیهای طلوع فجر به آسمانیان میپیوندند. شهدا در مسگرآباد به خاک سپرده میشوند. وقتی تصمیم گرفته میشود تا آنجا پارک شهر شود شبانه از تهران به قم انتقال یافته و در «وادی الاسلام» جای میگیرند.